Il 16 giugno 2002 Padre Pio da Pietrelcina diventa santo dopo la procedura di canonizzazione. È una figura divenuta molto popolare fra i credenti e particolarmente venerata.

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Tra i segni miracolosi che gli vengono attribuiti vi sono le “stimmate” che avrebbe portato per 57 anni in diverse fasi (a momenti alterni dal 1910 al 1917, e poi ininterrottamente dal 20 settembre 1918 fino a gran parte del 1968), il dono della bilocazione, la profezia, la lettura dei cuori (capacità di leggere nei cuori delle persone, carisma noto come cardiognosi) e la percezione, da parte dei fedeli, di intensi profumi floreali di vario tipo (violette, gelsomino, mughetto, rose ecc.) che si sarebbero manifestati come segno della sua presenza anche dopo la sua morte.

In generale, ai fini della canonizzazione, la Chiesa cattolica ritiene necessario un secondo miracolo, dopo quello richiesto per la beatificazione: nel caso di Padre Pio, è stata ritenuta miracolosa la guarigione di Matteo Pio Colella, all’epoca dei fatti un bambino di sette anni, nato il 4 dicembre 1992 a San Giovanni Rotondo. Durante la mattinata del 20 gennaio 2000, mentre era a scuola, Matteo si sentì male: la madre Maria Lucia Ippolito lo portò a casa, dove i sintomi apparirono inizialmente come quelli di una normale influenza, ma in serata la situazione precipitò, in quanto il bambino non riconosceva più la madre e sul corpo gli erano comparse diverse macchie violacee, tipico sintomo della coagulazione intravascolare disseminata (CID). Il padre Antonio, urologo dell’ospedale Casa Sollievo della Sofferenza, voluto proprio da Padre Pio, lo accompagnò al pronto soccorso di tale struttura sanitaria, dove gli fu diagnosticata una meningite batterica fulminante. Ricoverato in rianimazione in coma farmacologico indotto, il giorno successivo, il 21 gennaio, Matteo peggiorò: era stato tracheotomizzato a causa di alcuni blocchi respiratori ed aveva sfiorato l’arresto cardiaco, e nove organi erano stati dichiarati gravemente danneggiati; i medici emisero una prognosi infausta, in quanto nella casistica riportata nella letteratura medica internazionale non erano mai stati contemplati casi di sopravvivenza di pazienti con più di cinque organi compromessi.

In favore del bambino si sviluppò una catena di preghiere rivolte a Padre Pio, a cominciare dai genitori, devoti del frate. La madre riferì di aver avuto una visione di Padre Pio, e la stessa cosa riferì Matteo una volta uscito dal coma, dicendo di essere stato in compagnia di un anziano signore con la barba bianca vestito da frate, che riconobbe come Padre Pio vedendo un’immagine del futuro santo. Padre Pio avrebbe detto a Matteo che presto sarebbe guarito e lo avrebbe portato con lui in volo fino a Roma. Contrariamente a qualsiasi ragionevole previsione, il bambino cominciò a migliorare: il 27 gennaio venne sottoposto ad una TAC al cervello che risultò perfettamente nella norma, il 31 gennaio (dopo 10 giorni) si risvegliò e il 26 febbraio fu dimesso. Dopo un altro mese di terapie riabilitative poté riprendere la scuola, con un successivo completo recupero psicofisico. La Consulta medica della Congregazione delle cause dei santi il 22 novembre 2001 dichiarò che “La guarigione, rapida, completa e duratura, senza postumi, era scientificamente inspiegabile”.
Il decreto sul presunto miracolo fu promulgato il 20 dicembre 2001 alla presenza di papa Giovanni Paolo II, che procedette alla canonizzazione il 16 giugno 2002.